随后二人展开对决。水门怀疑“面具男”可能是当年与初代火影交战过的宇智波斑，而且是个极其危险的人物，必须阻止他。在经过两个回合的交手后，水门分析出对手忍术的弱点并制定出克敌之策，使用飞雷神二段并以螺旋丸重创“面具男”，并在“面具男”身上留下了飞雷神术式。随后水门使用契约封印解除了“面具男”对九尾的控制，“面具男”受伤逃走。
……
此时九尾仍然袭击木叶，水门以飞雷神之术将自己和九尾带离木叶村，同时将玖辛奈和鸣人带至现场。水门认为“面具男”将来一定会给忍界带来腥风血雨，为了阻止他，水门决定让鸣人成为九尾人柱力。水门将九尾的阴属性查克拉以尸鬼封尽和自己一同封印入死神体内，阳属性查克拉则以八卦封印封印到刚出生的鸣人体内，同时把自己和玖辛奈残余的查克拉一同封印入鸣人体内。在对鸣人留下最后的话语后，水门和玖辛奈便双双去世。
佩恩之战的时候，被仇恨驱使的鸣人即将撕下对九尾的封印，这时水门出现在鸣人的意识空间，并告诉了鸣人自己便是鸣人父亲。鸣人向水门诉说这些年的辛酸，而水门只能对鸣人怀着歉意：“想以父亲的身份道歉也不够资格吧。”此后，水门将其让鸣人成为九尾人柱力的原因以及十六年前“面具男”控制九尾袭击木叶的真相告诉了鸣人，并解除了鸣人对于忍界和平的疑惑，指引鸣人要自己去寻找答案。水门修复封印后，因查克拉用尽而消失。
第四次忍界大战期间，佐助为了知晓宇智波一族的真相而把大蛇丸复活，并要求大蛇丸复活历代火影。大蛇丸利用“尸鬼封尽·解”打开了尸鬼封尽，然后使四位火影以秽土转生的方式复活。佐助自初代火影那里得到了他想要的答案，决定守护木叶，于是和四位火影一同奔赴战场。
……
在最后的战场，水门终于与儿子鸣人再会，与历代火影并肩作战对付十尾，期间发现了“面具男”竟然就是带土的事实。带土在那之后便成为十尾人柱力，水门面对这样的带土而陷入苦战，由于阴阳遁术的缘故而失去右臂，于是和鸣人联手与带土对抗。在战斗中，水门两次使用飞雷神拯救了忍者联军，避免了全军覆没。
之后鸣人在尾兽拔河中胜了带土，带土因而失去六道仙人的力量。卡卡西打算亲手了结带土，水门见状上前加以制止，并指出卡卡西没有及时从内心深处救赎带土的错误。而带土随即遭到黑绝附身，与水门、卡卡西对峙；此时我爱罗和小樱将因九尾被抽离而濒死的鸣人送到水门之处，水门为了拯救鸣人的性命打算将自身的九尾阴查克拉传输给鸣人，却遭到黑绝的阻挠，九尾也被黑绝夺取。随后赶到的宇智波斑打算劝诱带土重返自己一方，水门为阻止斑而进入仙人模式发动攻击，但却反而被斑切断左臂。失去双臂的水门难以再战，不过仍然在一旁支援卡卡西以及随后赶来的迈特凯的战斗，并在阿凯以八门遁甲之阵与斑进行殊死搏斗之时与在场众人制定战术进行援护，更以飞雷神之术舍身替阿凯转移斑的阴阳遁术攻击，以使阿凯的攻击奏效。
……
当斑施展无限月读之际，水门因飞雷神之术的缘故转移到木叶火影颜岩上面，对突然发生的异变感到惊异；同时感觉到由于辉夜复活而产生的庞大查克拉，与其他三位火影一同赶往鸣人所在的地方。在那里，柱间由于触碰到残留在当地的斑的下半身而使六道仙人现身，六道仙人集合水门与其他三位火影以及历代各影的力量将成功封印辉夜的鸣人等第七班成员召唤回原先的世界。随后六道仙人解开秽土转生之术，水门在离开之前向鸣人祝贺“生日快乐”，鸣人也向水门说出了之前没能说出的各种话语，并希望水门能将这些话语转达给母亲。水门说“我一定会转达给她的”，之后因秽土转生解除而消失。
“只要这世界还存在忍者体制，也许就不会有真正的和平吧，佩恩曾经问过你，和平是什么，要找到答案是很困难的，为了拯救重要的东西产生了战争，只要爱继续存在，憎恨就一定会伴随，而忍者们却被这种憎恨所操控，只要忍者体制还存在，名为憎恨的怪物就会孕育出新的佩恩，杀了自来也老师的是佩恩，仔细分析的话，杀了老师的其实不就是孕育出佩恩的这个无秩序的忍者世界吗？所谓忍者就是与那憎恨的战斗，每个忍者都在与那憎恨交战着，自来也老师将结束那憎恨的答案托付给了你。”
……
三忍之一的自来也是一个伟大的忍者，他指导的水门才能独当一面。
自来也，火之国木叶隐村的“三忍”之一，三代火影猿飞日斩的弟子，四代目火影波风水门、长门、弥彦、小南、七代目火影漩涡鸣人的师父。他指导鸣人修行，在鸣人成长的道路上有着重要的作用。后在雨忍村刺探情报，死于“晓”首领佩恩之手。
自来也的原型来自日本的一个小故事《儿雷也豪杰物语》中的主人公儿雷也。儿雷也是一个使用蛤蟆作战的勇士，他的妻子是使用蛞蝓作战的纲手公主（纲手原型），而他们的敌人使用蛇，也就是大蛇丸的原型。
“三忍”之一，四代火影波风水门的师傅，也是他的儿子漩涡鸣人的师傅。在年轻时，曾经教导过长门，小南和弥彦。自来也的家庭很神秘，岸本从未说过他的父母是什么样的人，似乎他一直都是一个人。
个子高大，戴着上面写有“油”字的护额。白色长发一直到腰处。眼睛下方有红色的印记，这个印记随着他的成长而变长。身着红色外褂，外褂里面是茶色的衣服，脚着木屐，两手处戴着类似护甲的装备。