和其他音忍不同，佐助对大蛇丸既不恐惧也不尊重。他没佩戴音忍的护额，身上唯一的标记是一族纹章。与新第七班见面后，佐助毫不留情地攻击了鸣人和樱。
在两年半时间里，佐助的能力产生了飞跃。他使用草薙剑作为武器，并对雷遁忍术进行了各种新开发。由于大蛇丸的影响和自身的努力，佐助完全掌握了控制咒印的力量，瞳力也变得深不可测，甚至可以通过写轮眼与鸣人体内的九尾对话。
九尾妖狐对佐助的出现感到很吃惊，他说佐助的查克拉简直和以前的宇智波斑一模一样，佐助对九尾所说的事情不感兴趣，并开始压制九尾的查克拉。九尾退却，威胁佐助不要杀死鸣人，否则会后悔。在击倒了所有人后，佐助准备使用绝招将众人一举歼灭，这时大蛇丸和药师兜出现，兜劝说佐助留下第七班，这样可以削弱“晓”的力量，便于他对鼬的复仇，佐助勉强同意，接着三人便消失了。
……
佐助出现在无数个被他打倒的忍者中间，他身上干干净净，一点血也没被溅到，而且那些忍者们都没被给予致命一击，大蛇丸觉得即使是被称为天才的他在当年也没如此实力。这时候的佐助觉得自己已经没什么可从大蛇丸那里学到的了，就在大蛇丸躺床上养病的时候突然对他发起攻击，而早有准备的大蛇丸则现出真身──“白鳞大蛇”，欲夺取佐助的身体。
白鳞大蛇被佐助斩杀后，大蛇丸利用挥发的血液将佐助的意识转移到自己转生的异空间，准备夺取佐助的身体。但佐助的成长超出了大蛇丸的预计，在写轮眼强大的瞳力下，大蛇丸遭到了和当年面对鼬时相同的惨败，他的异空间完全被佐助吞噬了。
在摆脱大蛇丸控制后，佐助释放了被大蛇丸关押的水月。接着两人来到南秘所，说服了具有特殊能力且对佐助抱有爱慕之情的香燐入伙，并释放了所有的囚徒。之后佐助一行人来到北秘所，准备释放咒印力量的源头──重吾。重吾拥有双重性格，平时很和善，但当咒印爆发时就抑制不住杀人的冲动。佐助利用实力震慑住了处于杀人冲动中的重吾，作为君麻吕生前的好友，重吾为了了解君麻吕不惜牺牲生命来换取的佐助究竟是个什么样的人而决定加入。佐助的四人小队正式组成，取名为“蛇”，目的是要杀死鼬，整个世界都将因“蛇”的出现而发生变化。
……
木叶收到情报，得知大蛇丸被佐助所杀，便开始进行寻找佐助的任务。佐助在搜索鼬的时候遭遇了“晓”的迪达拉和“面具男”。迪达拉一因曾败于同样是宇智波一族的鼬手下，二因佐助杀死了本该由自己杀死的大蛇丸，而对佐助十分不满，主动挑起战斗。经过一番苦战后，二人两败俱伤，最终彻底被激怒的迪达拉自爆身亡。
“蛇”来到“晓”的根据地，佐助再次遇上鼬，鼬指示佐助前往一族的故地来个了断。战斗伊始，佐助与鼬两人一边交谈一边进行了幻术上的攻防战。佐助从鼬口中得知一条惊人的信息──“一族原首领、木叶创立者之一的斑仍然活着，而且就是斑跟鼬一起消灭了全族”。佐助又被告知，斑是族中第一个开启万花筒写轮眼的人，还曾以这双眼睛驯服了九尾。佐助之前已阅读过关于一族的石碑，了解到了万花筒写轮眼终有一天会失明的事实。鼬告诉佐助，本已是万花筒写轮眼拥有者的人，能从自己兄弟那儿取来同样的眼后创造出带有独特力量的新眼睛“永恒万花筒写轮眼”，而这就是他当年故意留下佐助性命的原因，佐助在听完鼬的叙述后正式开战。
……
两兄弟不断使出绝招攻击对手，佐助的实力早已今非昔比，在交战过程中，先后破解了鼬最强的精神攻击“月读’与最强的物理攻击“天照”，但也因此耗费了大量的查克拉。
最终，佐助决心用自己一手准备的终极绝招来决胜负……原来佐助先前的豪龙火之术射向天空的目的并不是攻击鼬，而是用来制造出积雨云，进而产生雷电，并将自然界巨大的雷电之力通过手中雷电引导向鼬。这招“麒麟”一击将整个据点都击得粉碎，佐助亦以为鼬已身亡，但意想不到的是鼬在麒麟劈下的瞬间开启须佐能乎防御住了佐助的攻击。就在这时，本来被佐助夺去力量、压制在其体内的大蛇丸，竟趁佐助力量虚耗之际企图侵占其身体，使出自己最大最强的术“八歧之术”变化出八歧大蛇。
但，歧大蛇的八个头颅被须佐之男先后斩下，而大蛇丸本人也被须佐能乎的“十拳剑”刺中而封禁在葫芦里，佐助的咒印也随着大蛇丸被封印而从此消失。
此时佐助与鼬都已到了极限，佐助连写轮眼都使不出来了，鼬的双眼已经几近失明，而且不断吐血，须佐能乎也差点消失。面对鼬强大的“须佐能乎”，佐助唯有不断以草薙剑和引爆符进行攻击，但都被鼬的须佐能乎所持的“八咫镜”弹开。鼬步步迫近，佐助则节节后退。最后，鼬微笑着在佐助的额头前轻轻点了一下，说道：“原谅我，佐助，这是最后一次了。”接着就此倒下。天空渐渐变暗，阵雨迷蒙，天仿佛在哭泣一般，而天照之火仍在不灭地燃烧着。当佐助看见旁边的鼬再也不动后，他明白鼬已经死亡，凄凉地笑了一下后倒在了鼬的旁边，兄弟二人并列躺在地上，仿佛永远隔绝的存在。
……
“面具男”找到并救起已经晕倒的佐助，他对佐助宣称自己就是“斑”，同时告诉了他家族与木叶曾经的恩怨，以及鼬的真实身份。原来，鼬是木叶的双重间谍，当年一族意图谋反，为了防止战争的爆发鼬才选择亲手灭掉家族。