崇祯六年二月初二,李云崖和朱由检在新建成的太和宫里面召开大朝会。
因李云崖让朱由检放权，皇帝只管军队、外交和监督,平时在北海办公,其余各部会归内阁管辖,主要在南海办公，每年只在年初、年中、年末三次,各部会全部聚集到中海，在这座九层高的太和宫里面开大朝会。
太和宫是专门用来开会的地方，最顶层的会议室能够同时容纳三百人，李云崖首先上主席台,做重要发言，用了十分钟讲完，然后请朱由检上台讲话。
这几天两人都在昭和宫里面研究,在李云崖的帮助下，朱由检写了整整二十七页的纸，都是密密麻麻的钢笔字而非毛笔字,他坐上主席台之后，说的第一件事是设立南京军区和广州军区,目前大明朝已有两个战区和一个军区,即东北战区、西北战区和北京军区。
去年在小年的时候，召开了总结朝会，朱由检亲自颁发一枚勋章给卢象升。
孙承宗对于辽东的策略是步步为营反客为主，野战打不过满清不停地筑城，把防御塔修到敌人家门口，孙承宗调回中央之后，卢象升在初步改编完辽东军之后，继续筑城，跟原来的历史上不同的是，此时明军战斗力强大，清军却因为崇祯二年那场战争元气大伤，卢象升打起仗来有板有眼，稳重又不失锐气，在朱由检改革税制以后，拿到了充足的银子，筑起城来更起劲了。
去年七月的时候，他派祖大寿到大凌河畔筑城，这里距离满清首都的沈阳直线距离也才三百多里，骑兵快马奔袭，一日夜能杀到，再往前走要修到沈阳了！而且此城在锦州以东，要打锦州必先打此城，要打此城必先打锦州，互成掎角之势，皇太极自然不能坐视不理，调集大量满蒙八旗杀过来，将祖大寿困住。
卢象升早料到此城一修，皇太极会出兵来打，提前给祖大寿调了一百门野战炮和两百架迫击炮，以及充足的弹药，让他死守，自己亲自率领三万新组建的陷阵营出锦州城和祖大寿配合，跟皇太极鏖战，这两年皇太极也造出了火|枪，还造了大炮，不过都还停留在火绳阶段，大炮也是用火药发射实心铁球的那种，由于冶金技术不行，又极为笨重，但总算能固守阵地。
双方乒乒乓乓打了大半天，忽然皇太极得到急报，曹变蛟率领两万贪狼骑已经绕道直取沈阳，半路上接战十六股清军，全部都是一举击溃，皇太极大吃一惊，急忙以步兵断后，骑兵先行回防，且战且退，卢象升率兵随后掩杀，大获全胜。
朱由检以此战功，授卢象升为上校军衔，曹变蛟为少校，李云崖设计的这套军衔系统，只授予给军校出身的人，李云崖订下的规矩，凡是军校出身的人不受外面的人指挥，卢象升改编辽东军之后，不少将官都到北京军校受训，最少一年，分批分期过来，像祖大寿、吴襄等都没有受训过，指挥得还是比较老的军队，关宁铁骑被卢象升拆分，他们剩下的都是淘汰下来的，朱由检给这些人封赏，则按照原来那一套守备、游击、总兵。
两套军制并行，但明眼人谁都看得出来，新军体制才更占主流，于是越来越多的将官都主动申请到北京接受训练。
为了彻底解决地方军阀指挥不灵的问题，去年朝会上，朱由检给吴襄封了破虏将军，调回北京归家养老，他儿子吴三桂已经是一个司令了，不能再让他在另外一支军队里掌握军权，明朝的将军还是很值钱的，给他一个将军衔，让他光荣退休，按照少将的待遇给退休金，也算对得起他大半辈子戍守辽东为国打拼了，当然，他过去贪污搜刮的土地全被被收归国有，钱财地产捐出来三分之二，剩下的也够他潇潇洒洒活完一生了。
朱由检是个很聪明的人，也很会玩帝王之术，这些事情都是他自己做出的规划，强制吴襄归家之后，再把祖大寿调往山西，到孙传庭帐下听令，整个辽东军彻底被掌握在政府手里，卢象升共整编了十个师团，约十二万人，其中两万贪狼骑兵，三万陷阵营，五万常规兵，跟满清野战已经不再落于下风，现在只是双方谁也灭不了谁，那么对峙着，卢象升每隔一段时间筑一座城，经过去年那一场大败，皇太极已经在研究迁都了，琢磨着要不要把都城迁到长春去。
西北战区孙传庭那里也搞得有声有色，高迎祥败回山西之后，留下了几十万的流民，被李云崖带回北京有二十多万，地消化二十多万，孙传庭从中挑选青壮，整编了六个师团，约九万人，其中一万破军营，两万虎步营，都由孙传庭直接率领，另有五万常规军，除了驻扎在黄河潼关一线，还有北边的宣府大同一代，要防着蒙古。
北京军区的七杀卫也重新扩增到三万，由吴三桂率领，北方地区已经万无一失，李云崖未雨绸缪，建议防备东南，于是新成立南京军区，由满桂任总司令，统领两万陆军，一万水兵，势力沿长江一带，坐镇江浙湖广。另设立广州军区，由曹变蛟任总司令，统兵五万，其中三万是海军，为将来攻略东南亚做准备。
朱由检给国防部规定了一个新的任务：“各军区成立起来以后，要开始剿匪，凡流寇、山匪、水贼等，一律剿灭，五年之后，各军区境内不得再有二十人以上的匪患！”至于二人以下的，由李云崖敦促公安部追剿，只有治安好了，工商业才能发达，工商业流通起来，国家才能富强。
国防部之后是外交部，朱由检告诉外交部的官员：“给朝鲜、日本、琉球、吕宋、爪哇、真腊、缅甸等二十六国传信，让他们于崇祯八年端午之前派使节进京朝贡，不然将来六师移之！”
然后是监察部，朱由检接受了李云崖的意见，任命了十二个巡按钦差，分别来自不同派系，不同阶层，各领一组人马，赐尚方宝剑，到各地方彻查那些巡抚、知府、布政使等官员，中央已经整理的差不多了，下一步开始整治地方，朱由检要下重手，彻底给那些治国无方，扰民有术，阴奉阳违的官员们点颜色看看！
朱由检事先做了充足的准备，把三个部门的构架体系，行为规则，人事任命全都捋得清清楚楚，说完之后又简单地询问了三位部长的意见，然后进行分组讨论，其中有需要其他部会配合的，譬如巡视组要公安部和法务部配合，国防部要民政部配合等，这个时候可以提出来，李云崖跟朱由检两个大领导牵头，共同研究解决。
单这些事忙活了一天，晚上各部会首长住在太和宫的客房里面，太和宫共有九层，开会的地点在最顶层，下面五层都是客房，三楼四楼是各种规格的会议室，二楼是餐厅。
李云崖跟朱由检同进同出，李云崖劝朱由检尽量不要搞特殊化，朱由检从善如流，他也认为现在有功名的士人都不肯出仕，自己更应该做出一副仁君亲贤的样子，于是一个伺候的人都不带，经过李云崖几年时间的潜移默化，他已经完全能够自己处理日常生活了。
两人跟着各部官员一起到二楼吃饭，半路遇到徐光启，带着宋应星、孙元化、徐霞客等几个院士，一群人连忙见礼，朱由检说：“徐院长年纪大了，应该让人把晚膳送上来，不然的话这样来回爬楼，实在是太累人了。”
徐光启连忙躬身谢恩，李云崖把他拽住：“徐院长年纪才不大，今年七十一岁吧？七十二了？才七十二岁！你看人家孙部长，比你小一岁，那身子骨，一口气上九楼，不费劲。”
徐光启苦笑：“孙大人常年领兵，铁骨铮铮，非我这文弱书生可比。”
“人啊，得多运动才行，这个太和宫，每天爬三次，保你能活九十九，吃完饭爬楼还能助于消食。”李云崖又转向宋应星，“宋院士，上次说的那个大型蒸汽机什么时候能做出来？”
“不容易啊。”宋应星满脸惭愧，“火车用的还好，您要放在船上，能够带动螺旋桨推着四五百料的大船，还是身装铁甲的战船在海里跑，那个需要的力道实在太大了，我们去年做出来试验了一把，十二个蒸汽锅炉同时工作，那船跑得比人走的还慢。”
“没关系，只要有进展行，火车头还要继续改造，我们未来还要建很多的铁路，除了正在建的通山西和辽东的两条，今年还要建通郑州的京郑铁路，通南直隶的两京铁路，如果合适还要继续往南修，一直修到广州，照着这个目标往前努力，哪怕搞一百年也要搞出来，火车的动力和速度都要提上来，还有安全性，现在只是用来拉货，以后要做拉人的客车，你们任重道远。”
朱由检对于火车和轮船都很感兴趣：“等修成了是不是可以从北京直接坐车到岭南了？”
李云崖点头：“是，但是速度会很慢，得跑个两天两夜吧，吃住睡觉都在火车上，嗯，到时候咱俩弄个专列，弄个豪华车厢，一起去广州吃荔枝。”
朱由检说：“荔枝也还罢了，我是想看看那弗朗基跟荷兰的红毛鬼是什么样子，也见识见识真正的西洋诸国风俗人情。”