李云崖劝说朱由检把西苑贡献出来，好做内阁的总部：“你把这花园子拿出来，贡献给国家,将来我带你去看星辰大海！”
朱由检现在只能跟李云崖一条道走到黑，连权利都肯下放,园子自然也没什么可吝啬的,况且他自从登基以来为国事操心劳神，根本没有机会,也没有心情去园子里游玩。
李云崖得到他的首肯，立即请来最好的园林大师，设计出一张图纸,然后建筑工人迅速进驻,将太液池在原有的基础上进行改建,所谓太液池，是从金代定都北京时侯有的，后来历经元代、明代,开挖出了三个大湖,即为后世中所熟知的北海、中海、南海，当年明成祖朱棣开挖南海,将挖出来的土方堆积在紫禁城北,形成万岁山，历史上的崇祯皇帝在这上面吊死。
李云崖改建太液池，先修围墙，将它彻底跟旁边的紫禁城隔开，自称一个空间，对岸边的建筑进行重建，将原来的西直房、尚宝监、御用监等全部搬离，新建各部会的办公大楼。
其中监察部、外交部和国防部都在北海，以后皇帝在这里主持办公。其余部会在南海，由李云崖率领，在琼华岛办公。中海建立太和宫，每年年初、年终、年尾，皇帝和内阁总理带着所有部会首长在这里开朝会。紫禁城完全给朱由检作为自家的起居住所，不再具有政治功能。
虽然说两人分管一摊，但李云崖还是凡事都把朱由检带上一起参与，而朱由检那边的事务也都会找他，其实，朱由检对军事，对监察，对外交都没兴趣，他更喜欢内阁这边的民政，李云崖在崇智殿内给他安排了房间，让他住在这里，各部会一切事物都送到这里，两人一起研究决定。
在崇智殿住着，同样不用太监宫女伺候，李云崖把他们都打发出去，另行设立办公厅，调了一些识字的青年进来当秘书，做记录奏折整理档案等事务。
李云崖画了一张包含星辰大海馅的大饼，朱由检被刺激得化身元气少年，每天早早起来跟随王征南练剑，然后和李云崖一起吃过早餐之后，开始办公，先把秘书们分门别类送来的奏折看上一遍，然后抱着来找李云崖。
“洪承畴递上来的折子，说是江南那边许多士子集体到南京哭皇陵，哭孔庙，煽动百姓造反，还集体抗税，已经造成了好几次冲突。”朱由检把奏折甩在桌子上，“跟前几天国子监学子闹事一样！不好好读书为国出力，会搞这些！”
李云崖把折子拿过来，用红笔在下面批示：“乱世须用重法，一切依法办理。”
看到李云崖只写了十二个字合上奏折，朱由检担心：“你这么写，能行吗？”
李云崖笑道：“写这十二个字已经很不错了，本来连这十二个字都不必写，如果事事都要我来做决定，我要他一个公安部长是做什么的？一年那么高的俸禄难道白给他？只不过因为百事粗创，又兹事体大，我才回的，洪承畴是个聪明人，他知道该怎么做的。”
洪承畴不仅是个聪明人，还是个狠心人，最是心狠手辣，他在西北平叛的时候，经常把已经投降的农民军头领叫过来请吃饭，不等被端起饭碗叫手下进来全部给宰了，临了连顿饱饭都不给人吃，是馋人家一下，李云崖让他接替孙传庭当公安部长也是看中了他这一点。
随着崇祯四年温体仁的政变失败，几乎整个士大夫阶层都对朱由检彻底失望了，从跟李云崖对上以来，他们集体辞官、扶植流寇、逼宫政变这些手段全用上了，都被李云崖一一粉碎，以他们的失败而告终！
如今李云崖改革流传了两千多年的国家体制，越发触动了他们最后的底线，他们没有勇气直接造反，只能鼓动协助其它势力造反，大乾国的诞生是如此，结果五六十万军队被李云崖三五万人给打了个灰飞烟灭，这个结果更让他们心惊胆寒，武斗行不通，又开始文斗，江南地区开始大面积的抗税逃税。
李云崖废除六部之后，农税也由公安部代收，最后统一归财政部调配，地主官绅们为了逃税，手段无所不用其极，经常一个举人，带上自己的亲朋好友，三亲六故，名下财产过百万亩，却不用纳一厘米，交一个铜板。
商税牵连的更广，除了各家奴仆经营的铺子，还有很多私盐、私铁等见不得光的，多是当地士族跟卫所军官相互勾结共同运作，杀父之仇，夺财之恨，不共戴天！庞大的利益团体开始反扑于是读书人纷纷罢课，到孔庙门前烧书，煽动老百姓围攻警察局，使得遍地烽火。
洪承畴得了李云崖十二字批语之后，从北直隶紧急调了三千武警南下，李云崖又给他从京营派了一万精兵，开始锁拿镇压，凡是带头闹事煽动百姓的，无论是举人还是秀才，不管过去做过什么样的大官，一律依照公安法，地问斩，参与闹事的，革除功名，抄没家产。
如果没有李云崖，再过十几年，清军入关南下，开始扬起屠刀，血腥镇压，这些人当众除了少数有骨气的之外，大多主动剪掉辫子，向满清屠夫摇尾乞怜，这会跟大明朝耍赖皮的能力，到了那时候再也没有了。
洪承畴在一个月之内，通报中央，连斩了七十八名首犯，进士出身的有四个，革出功名的举人三百六十八人，秀才两千有余，举国震惊。
这些读书人敢怒而不敢言，偷偷在家里立书做传，把当下的大明朝描绘成为一个史上最黑暗的时代，国家马上会崩溃灭亡，自己是如何的忧国忧民，一身才华却无处施展……并指出，一切罪恶的根源都是国师李云崖，号召天下所有的侠士们，一起站起来斩杀国师，澄清宇内。
李云崖要跟这些人抢夺话语权，他把大明侯报开到江南各省，阐述新学，给教育部播了一百万两银子的经费，让身为教育部长的徐骥，也是徐光启的儿子在各地建公立学校，县里必有小学，州府必有中学，省里必有大学，并指定教学大纲，编纂各科教材，刊印发布，并规定，凡能入学者，一律不收任何费用，老师的束脩，教科书等费用，全部由国家来出，学生只要自带纸笔、饮食即可，还规定，以后考入新的体制必须最少要有小学的学历，原来科举制学四书五经考出来的秀才、举人，新体制概不承认！
士大夫阶层对此自然更是不满，愤恨无比，一再贬低新学，说这些只是奇技**巧，旁门左道，不是圣人之学。绝大多数人家，凡是条件好的，仍然读四书五经。
但家境贫寒的大有人在，仍有不少把孩子送到学校里来接受新学教育。
这年头读书可不是个容易的事，整个村子也找不到一本书的地方十分普遍，能够识文断字，会个百以内加减法的算很有学问了，新学校里只要带上派出所颁发的户口本可以去上学，白拿刊印好的教材，这种好事，对于官绅阶层来说不值得一提，对于穷苦人家可是天上掉馅饼的大喜事，不冲别的，能让孩子多认识几个字，以后能送到城里当伙计，总比在农村跟全家人死守几亩地强！
因此，全国的小学校开始如火如荼地办起来，招生情况比李云崖预想的要好的多。
士族阶层用很鄙视地态度，把新学定为“贱学”，只有卑贱的泥腿子才学的东西，跟他们自己的孔孟之道，圣人之学根本无法相提并论。
舆论阵地不能失守，李云崖在大明侯报上接连数期发表文章，指出现在孔孟之道，是汉朝董仲舒罢黜百家独尊儒术之后才成为主流学问，而在那之前，汉朝都是才用黄老之学，孔子和孟子是圣人，老子更是圣人中的圣人，新学兼容道、儒、墨等百家之长，亦是圣人之学。
他这个说法自然被广大士大夫阶层嗤之以鼻，但也还是有不少读书人听进去了，专门弄来一套小学教材进行研究。
同时，李云崖开始推广“文言一致”，即日常怎样说话，文章里怎样写，不必追求起承转合，不必追求四六骈体，更不用掉书袋，并提倡使用简体字，中国文字经过数千年衍化，经历过篆书、楷书等数次大的变化，李云崖让教育部将一大批太过繁琐，二十笔画以上的字做了简化修改，以便于推广，达成教育普及。
他在报纸上明确地写出，自己身为国师，在教四岁的太子朱慈烺小朋友时候，用的是新学，是简体字，将来教自己的干儿子，朱慈烜小朋友的时候，同样用这一套。
文人们拿着报纸看到这条新闻，无不大声痛骂妖道不止要灭亡大明江山，更要连整个民族千年文化传承一举灭绝，纷纷作诗做文章，要生啖妖道之肉，渴饮妖道之血，恨不能立即率领百万雄兵，上京将妖道抓住，挫骨扬灰，不到一年时间，各种描写妖道的小说画本遍布江南，把李云崖描述成一个会魅惑之术，又有断袖之癖，勾引住皇上朱由检，每天要吃九百九十九个小孩心肝炼药的盖世妖道，并说善恶到头终有报，妖道数年之内必遭天谴！