为了避免兄弟残杀的事再度发生，唐太宗放弃魏王泰而改立晋王治。但太宗内心对这个性情温和、天赋不高的儿子不甚满意，认为他过于懦弱，没有驾驭群臣的能力。为此，太宗一度想废掉李治，让三子李恪做继承人。李恪“有文武才”、“英果”，在很多方面颇与太宗相像。但李恪是隋炀帝的女儿杨氏所生，是庶子，按照嫡长子继承制，不具备继承王位的资格。李世民曾经向长孙无忌
透露过改立李恪的意图，不用又遭到长孙无忌的抵制，“晋王仁厚，守文之良主，且举棋不定则败，况储君乎”。王朝需要稳定，而储君的稳定又是其中的关键。唐太宗不得不承认他言之有理。经过几番犹豫不决与反复斟酌之后，太宗痛楚且遗憾地认识到：大局已定。自己所能做的，不过是在有生之年进行补救，尽快使李治克服弱，并尽量为他将来执政铺平道路而已。
安排良佐唐太宗的行动果断而迅速。正式宣布册立皇太子之后的第四天，东宫僚属便已选定：以长孙无忌为太子太师，房玄龄为太子太傅，萧瑀为太子太保，李世勣为太子詹事兼太子左卫率，李大亮为右卫率，于志宁和马周为太子左庶子，苏瑁和高季辅为太子右庶子，张行成为太子少詹事，褚遂良为太子宾客。
这是一个阵营强大的“辅佐”班子，史称“东宫僚属皆盛选重臣”。长孙无忌勋戚旧友，房玄龄明敏善谋，萧瑀忠耿直率，李世勣诚实信义，李大亮文武全才，于志宁长者风度，马周机辩过人，苏瑁博学多文，高季辅清鉴善识，张行成体局方正，褚遂良直言不讳，刘洎刚强决断，岑文本缜密强干，这些人的长处不仅可以对李治产生影响，而且可以为李治所信赖依靠。
除此之外，这批人中，既有功勋元老，又有时政中坚；既有武官将才，又有经史文士；既在朝中掌握实权，又大多具有辅佐储君的经验。这些人代表了方方面面的势力，既有唐太宗一贯信任的心腹，又有李承乾甚至李泰的旧僚。尤其是后两部分人加入这个集团，对缓和李承乾、李泰势力对李治的敌意，会发挥重要作用。
李世民对这些人寄以厚望，这些人也没有辜负李世民的重托。他们在李治即位之前的几年时间里，稳固太子地位，播扬太子声名，培养太子才干，扩展太子德行，尽心竭力、不遗余忠。及李治即位，长孙无忌、褚遂良、李世勣等人成为朝廷中心人物，掌握大局，献计献策，使贞观政风得以延续，与李世民的初衷基本合拍。
悉心教育太宗希望李治尽快成熟起来，成为一个合格的储君，便把大量心血倾注到对他的教育上。他改变了过去只由经师充任太子侍讲，讲授经书内容的教育方法，采取“遇物必有诲渝”——在日常生活中借题发挥来教育李治。看见李治吃饭，就：“你要知道稼穑的艰难，不夺农时，才能经常有饭吃。”见李治乘船，就：“水能载舟，也能覆舟，百姓就像水，君主就如舟。”见李治在树下憩，就：“木要以墨绳为准才能正直，君要能够接受劝谏才会圣明。”见李治骑马，就：“你应知道不尽其力，才能常有马可骑。”李治对父皇的谆谆教导总是毕恭毕敬地接受，表示一定“铭记在心”、“永志不忘”。太宗晚年根据自已的经验，亲自撰写《帝范》十二篇赐给李治，从《君体》、《建亲》、《求贤》《审宫》、《纳谏》、《去谗》、《戒盈》、《崇俭》、《赏罚》、《务农》、《阅武》、《崇文》等方面对李治循循善诱，要他明晰修身、治国、安危、兴废的帝王之道。
除了训诲之外，李世民利用每一个机会，命李治参与讨论军国大政，以增长其政治才干。据史书记载：“太宗坐朝，常令太子侍立。百司奏事毕，留中书门下三品平章事。太宗因为太子陈孝道，论及政事，或时有决罚，令太子评其可否，商榷辩论，深达政要，群臣莫不叹服。”与此同时，唐太宗让李治监国，给予他越来越多的独立处理政务的时间。其一可以使李治懂得为国之要，在于进贤退不肖，赏善罚恶，至公无私；其二也为李治赢取政治美名。唐太宗不失时机地为李治播扬声名，在与李治有关的诏令之中，如册立太子、监国、参决庶政等，都充满了对李治的褒奖赞赏之词。由此可见，唐太宗在扶植李治方面，确实下了很大功夫。
太子李治在父皇太宗的悉心教导和群臣的忠心辅佐下，近步颇多。他不仅增加了许多政治方面的经验，而且“文章笔扎，群艺日新”。太宗感到很宽慰，对群臣表示：“太子宗社之本，四海所系，而某天资仁孝，内外倾服，肤之此举，无愧于神人也。”
但是，有人指出，唐太宗对李治的教育遗漏了很重要的一，那就是没有针对李治的柔弱性格下大功夫。事实并非如此。当时在安排东宫僚属时，太宗就特意针对李治仁弱缺，命刘洎、岑文本、褚遂良、马周更替到东宫与太子谈论，以提高李治的学识与决断能力。如果太宗没有就在李治仁弱这一上下更多的功夫，也许是因为他认为李治年长以后，会有所改变；而且，仁恕守文，确实也是守城君主必备的美德。
李治宽仁孝友的天性，在被立为太子之后得到了更加充分的显示。对大臣，他敬重有加。为了表示对老师高士廉的尊重，李治请他与自己同榻视事。后来，又下令为其专门设立座位，高士廉竭力推辞才没有这样实施。对两位哥哥，他发自内心地表示关心。册立为太子后不久，李治立即向太宗请求优待两位哥哥：“承乾、泰衣服不过随身，饮食不能适口，幽忧可悯。乞敕有司，优加供给。”太宗大为感动，立即批准了他的请求。
对待父亲太宗，李治竭尽孝道。李治与太宗父子之间，原本比较融洽，既不像李承乾那样猜疑隔膜，也不像李泰那样虚伪势利。自从被立为太子以来，他与太宗接触机会大大增多，彼此间的感情更深了。贞观二十年（646）三月，太宗亲征高丽，出发前，李治哭泣数日，依依不舍。他关注太宗每天的起居情况，每当得知太宗要亲临敌城战阵，便彻夜不眠，忧形于色。太宗从高丽回长安后身体一直很虚弱，需要静养，政务暂由太子代理。李治处理完政事，便来到太宗寝宫照看太宗，医药膳食，亲自过问。太宗让他出外游观，他推辞，自己宁愿“奉至尊、居膝下”。太宗非常高兴，在自己的寝殿侧安置了一处院落，让李治居住。李治昼夜不离地伺候父亲，甚至数日不食，连头发也白了许多。太宗感动得直流泪：“我听古代的孝子，莫过于文王，但你这几天为了我头发都变白了，你真是比文王还有孝心啊！我死而无憾！”