断与纲手的恋情以及断得到了火影项链的事情虽然不是什么秘密，但木叶村中知道的人却不多，而魂叶真是这为数不多的人之一。
自从绳树遇袭的事情之后，魂叶就一直靠分身观察着断的情况，所以她几乎将断与纲手的感情发展完全看在了眼里。
而当她看到断竟然还是得到了火影项链的那一刻，她的心情顿时震惊不已，她本以为自己成功救下了绳树的性命，纲手就算与断在一起，断也不会再得到火影项链，但现在在历史发展的不可抗力之下，断竟然还是得到了项链，那他之后也肯定还会再遇到危险。
但魂叶依然没有放弃，她如同之前保护绳树一样，每天都放出一个分身守护在断的身旁，不过这次暗中的保护却要比上一次要多了很多难度。
因为断如今是活跃在木叶与雾隐村的战场上，所以魂叶要在跟踪断的同时，还要躲避木叶和雾隐村两边忍者的探查，而且断本身就是感知型的忍者，感知能力极为出色，魂叶好几次都险些被断给发现，最后只好无奈的解除分身，才避免了被发现的下场。
在这种复杂的状况下，魂叶也无法给予断密不透风的保护，所以断最终还是惨死在战场上，而他惨死的时间距离他与纲手在一起的时间才不到一个月。
本来纲手的心情已经恢复了一些，但断的惨死却如同一击重锤，还不容易将她心中建立起来的信念全部摧毁，纲手一瞬间就跌入了更深更黑暗的痛苦深渊，不仅心情再次跌落低谷，还因为断的那血肉横飞的尸体而患上了恐血症。
由于患上了恐血症，纲手不但无法再做忍者，就连她所擅长的医疗忍术在面对伤者的时候也无法再用出，纲手一瞬间从木叶人人敬仰的医疗大师沦落成为了一无是处的废人。
于是在失去恋人和成为废人的双重打击之下，纲手只好选择了一走了之，带着断的侄女静音一同离开木叶，去周游世界，在散心的同时，也寻求治疗自己恐血症以及为绳树恢复双腿的方法。
纲手走后没多久，自来也也完成了对长门三人的教导，然后回到了木叶。
回到木叶后，迎接他的人却只有大蛇丸一人，他当即疑惑的询问纲手的情况，而大蛇丸则立马一脸淡然的将纲手最近的遭遇全部告诉了自来也。
听到纲手的遭遇后，自来也回归的喜悦瞬间消失不见，恨不得立马外出去寻找纲手，为她送去自己的关怀，但如今木叶还在与雾隐村大战，村中正是缺人的时刻，他无法抛弃村子立刻走开。
于是他只好选择了留下了，与大蛇丸一起进行战斗。
有了自来也的加入以及根组织的协助，木叶与雾隐村的战争很快就结束了，然后自来也也选择了离开木叶，踏上一边继续写作，一边继续寻找命运之子的旅途。
三忍之中的二人接连离去，只有大蛇丸一个人还继续留在村子，也只有大蛇丸看似一切都还正常，但他其实在目睹了纲手接连痛失亲人的痛苦后，心理也遭受到了巨大的冲击，他开始恐惧生命的脆弱，还怕自己的生命有一天也会这么脆弱的熄灭。
于是在一番心理纠结后，他毅然决然的踏上了研究长生不死的道路，而他研究的首要目标，就是扉间留下的一系列禁术。
扉间留下的禁术有许多，每一个种也都很强大，甚至其他人只要能够学会其中一种忍术就足以成为顶级强者，例如飞雷神之术、多重影分身之术、秽土转生之术等。
而在这些宝贵的禁术之中，大蛇丸却唯独钟爱其中的一个忍术，那就是秽土转生之术。
秽土转生是扉间研究出来的一种可怕禁术，可以借助人的细胞，将已死之人的灵魂召回人世间，然后把其他人的身体献作为祭品，将已死之人以实体的方式复活，然后帮助施术者进行战斗。
大蛇丸对这个忍术感兴趣的点不只是这个忍术可以利用已死之人战斗，还有很重要一点，就是已死之人的灵魂其实还是在某个地方以特殊的方式存活着。
研究出这些东西后，大蛇丸脑海中突然回想起一段话。
"人死灵魂不灭，人死的只是他的躯壳，但他的灵魂却还可以重新轮回，然后换种方式，忘记前程，继续活着。"
这段话是当初恒飞跟大蛇丸聊天时随意说的，现在却成为了大蛇丸研究不死的方向。
"只要我能研究出一种忍术，替代自然的轮回，然后自己随意掌握灵魂轮回，不但可以长生不死，说不定还可以控制自己以后轮回的身体，然后掌握世间最强的血继限界！"想通了灵魂轮回长生的问题后，大蛇丸又联想到许多东西，不禁越想越兴奋起来。
想到这些，十分兴奋的大蛇丸便立马展开了行动，要想研究秽土转生之术，那就需要人体进行研究，如今木叶与雾隐村的战斗虽然已经结束了，但雾隐却留下了许多忍者尸体。
而大蛇丸刚开始也没有那么变态，不想用活体和自己村子忍者的尸体研究，于是就小心翼翼的私藏了一些雾隐村的忍者尸体，独自开始从事研究。
可是随着时间的推移，大蛇丸对尸体的需求量越来越大，甚至已经开始需要活人作为实验体，正所谓常在河边走，哪有不湿鞋，大蛇丸的拿尸体做研究的事情很快就被人发现了。
...
魂叶自从加入根后，先是经历了很长一段时间的精神教育，待到所有被召进根组织的人都已经表现出对团藏坚定不移的忠诚之意后，这个精神教育才终于告了一个段落。
而后魂叶被任命为一个小队的队长，带着一个五人小队去雾隐村执行了一次情报抢夺的任务，这次任务虽然要深入雾隐村，但以魂叶如今的实力，很快就有惊无险的完成了这次任务，成功的为根组织带回来一堆重要的雾隐村情报。
完成这个任务后，还不待魂叶休息一段时间，团藏又突然召见了她，然后要魂叶在深夜陪同他一起去执行一个特殊的任务。
对此魂叶自然不会拒绝，于是就在根的**一直等到了深夜，然后约么到了快要凌晨的时候，团藏终于展开了行动，带着他和另一个经常陪在团藏身旁的那个带面具名为暗的忍者，一同悄悄的离开了根**，然后向着村内一个僻静的地方飞掠而去。
而待到他们来到目的地，魂叶却不禁瞳孔一缩，因为他们来到的地方正是大蛇丸所居住的房子。